Agarose
Définition
L'agarose est un polymère de la famille des agars, à très haut pouvoir gélifiant, très peu sulfaté et constitué par la répétition régulière d'un motif diosidique. Ce polysaccharide linéaire formé d'une alternance de D-galactoses et de L-galactoses est utilisé notamment pour préparer des gels d'électrophorèse.
L'agarose est un polysaccharide formé d'alpha et de bêta-galactoses, le composant principal de la gélose, extrait des algues Rhodophytes des genres Gellidium et Gracillaria. L'agarose est l'un des deux composants principaux de la gélose et est obtenu en purifiant la gélose de son deuxième composant, l'agaropectine.
Du gel d'agarose :
Du gel d'agarose sous lampe à rayons ultraviolets montre : 1. Chargement des puits de la solution d'ADN. 2. échantillons d'ADN indiqués par le marqueur fluorescent du bromure d'éthidium après électrophorèse (bandes rose pâle). 3. Polymère gel/agarose solidifié.
Explications
L'agarose est soluble dans l'eau à des températures supérieures à 65 °C, en fonction du degré de substitution hydroxyéthyle de ses chaînes latérales. Des substitutions peuvent être modifiées pour faire varier la température de gélification entre 17 et 40 °C. L'agarose a une température de fusion différente de celle de la solidification / gélification, propriété définie comme l'hystérésis thermique. Sa température d'ébullition varie en fonction de l'organisme dont il est extrait (généralement entre 80 et 90 °C), ainsi que de celle de gélification (généralement entre 30 et 40 °C), présentant ainsi une hystérésis il peut varier de 40 °C à plus de 50 °C.
L'agarose est un polymère linéaire dont la masse moléculaire est d'environ 120 000. L'unité fondamentale de l'agarose est l'agarobiose, c'est-à-dire un dimère de saccharide constitué de D-galactose et de 3,6-anhydro-L-galactopyranose reliés par une liaison glycosidique α- (1 → 3) et β- (1 → 4). Chaque molécule d'agarose contient environ 800 molécules de galactose; la chaîne polymérique d'agarose forme des fibres hélicoïdales qui s'agrègent dans des structures super-fermées ayant un rayon d'environ 20/30 nm. Les fibres sont semi-rigides et leur longueur varie grandement en fonction de la concentration en agarose.
La structure tridimensionnelle de l'agarose est conservée en tant que telle par la formation de liaisons H; en conséquence chauffant le gel, il revient à l'état liquide.
L'agarose est un produit naturel qui forme une matrice inerte et non toxique, un outil indispensable dans un grand nombre de techniques de biologie moléculaire, de biochimie et de biologie cellulaire. Son utilisation la plus répandue consiste à construire des gels permettant la séparation des molécules d'ADN par électrophorèse, en plus d'être utilisés pour fixer des molécules à leur structure, telles que des anticorps, des antigènes et des enzymes. Il est également utilisé pour la culture cellulaire et la microbiologie. D'autres utilisations moins répandues sont l'utilisation de ces gels comme matrices pour la réparation des tissus endommagés.
L'agarose est une excellente matrice pour travailler avec les protéines et les acides nucléiques en raison de ses propriétés physiques et chimiques, ainsi que de sa stabilité thermique. Il a un faible degré de complexité moléculaire et il est donc peu probable qu'il interagisse avec d'autres biomolécules.
Voir aussi les polymères naturels.
Pour la séparation de l'ARN, des gels spéciaux contenant du formaldéhyde doivent être utilisés. Souvent, les gels sont déjà ajoutés lors de la préparation d'auxiliaires pour la visualisation des molécules séparées. Dans le cas de l'ADN, il s'agit généralement du bromure d'éthidium.
Synonymes, antonymes
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Mots en A à proximité
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En rapport avec "agarose"
L'agar est un polymère linéaire, composé de galactose, extrait de certaines algues rouges phycocolloïdes (Rhodophyta).
Un agar-agar est un polysaccharide complexe extrait d'une algue marine, servant à la fabrication des milieux de culture solides utilisés en laboratoire...
Une agaropectine est une molécule de la famille des agars, de composition très voisine de l'agarose mais davantage sulfatée et non gélifiante.
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