RFLP

Définition

RFLP est l'abréviation de l'expression anglaise : restriction fragment length polymorphism, une spécificité du polymorphisme, qui se traduit en français par polymorphisme de taille des fragments de restriction. Ainsi, des fragments d'ADN présentent des différences mineures dans leurs tailles; ils proviennent de la digestion d'ADN par une enzyme de restriction.

En biologie moléculaire, la RFLP est utilisée pour indiquer deux concepts distincts : une caractéristique des molécules d'ADN qui permet de les distinguer les unes des autres, et aussi les différences dans les séquences nucléotidiques qui les composent et la technique de laboratoire qui exploite ces caractéristiques pour comparer les différentes molécules d'ADN. Cette technique est utilisée pour faire des empreintes génétiques et dans des tests de paternité.

Procédure de RFLP (polymorphisme de longueur de fragment de restriction) :

Schéma d'une procédure RFLP (polymorphisme de longueur de fragment de restriction).

Explications

La procédure de polymorphisme de longueur de fragment de restriction (RFLP) est :

1. Extraire l'ADN des individus A et B.
2. Utiliser des enzymes de restriction pour couper l'ADN.
3. électrophorèse des fragments d'ADN sur gel d'agarose pour les séparer par taille.
4. Transférer l'ADN dans le gel sur une membrane en nylon par Southern Blot.
5. Utiliser des fragments d'ADN radiomarqués comme sondes pour s'hybrider à l'ADN.
6. Retirer les sondes non spécifiquement liées ou non liées en lavant la membrane en nylon.
7. Exposer la membrane lavée à un film radiographique.
8. Développer le film radiographique pour observer les polymorphismes de l'ADN.

Les RFLP ont été utilisés pour la première fois dans les années 1980 et ont été typés par Southern blot et hybrides avec des sondes marquées radioactivement.

La méthode RFLP est utilisée en médecine légale ou dans les tests de paternité. C'était la première méthode rentable pour comparer la relation entre deux échantillons, mais elle est de plus en plus utilisée par d'autres méthodes biochimiques telles que DGGE ou TGGE, l'analyse des phospholipides, la réaction en chaîne par polymérase (partiellement avec le séquençage de l'ADN), RAPD, l'analyse STR, l'analyse SSCP ou d'autres développements du RFLP comme AFLP, T-RFLP, ARISA, ARDRA remplacé. Une variante de RFLP avec ADNr est le ribotypage.

Les RFLP servent une. comme marqueurs génétiques dans la cartographie des gènes, car plus ils sont proches, plus ils sont hérités. Ils sont également utilisés pour rechercher des locus de caractères quantitatifs, c'est-à-dire des coupes chromosomiques qui influencent l'expression d'une caractéristique quantitative, ainsi que dans les transferts de Southern.

Une application plus spécifique est le T-RFLP (terminal RFLP). Les gènes cibles sont amplifiés dans la réaction de polymérisation en chaîne (PCR) avec une (ou les deux) amorce (s) marquée (s) par fluorescence. Les produits d'amplification sont digérés par une enzyme de restriction et analysés par un séquenceur automatisé. Cela ne détecte que les fragments fluorescents (c'est-à-dire les fragments terminaux). Ceci est utilisé, par exemple, pour déterminer la diversité dans un échantillon ou pour comparer la diversité le long d'un gradient. Le T-RFLP peut également être utilisé pour identifier la composition des microbiomes de différents habitats et pour déterminer d'autres données métagénomiques.

En rapport avec "RFLP"

• chronoséquence

  

  Une chronoséquence est une suite de sols génétiquement liés dans lesquels la végétation, la topographie et le climat sont similaires.

• marqueur de séquence exprimée

  

  Un marqueur de séquence exprimée (EST ou Expressed Sequence Tag) est un morceau d'ADNc (ARNm retranscrit), long de plusieurs centaines de nucléotides.

• polymorphisme

  

  En génétique, le polymorphisme est la présence simultanée de plusieurs morphes dans la population de génomes présentant des variations alléliques.

• polymorphisme de longueur des fragments

  

  Le polymorphisme de longueur des fragments de restriction, ou RFLP, est une méthode pour déterminer l'empreinte génétique par marqueurs moléculaires.