Amplification aléatoire de l'ADN polymorphe

Définition

L'amplification aléatoire de l'ADN polymorphe (RAPD) est une technique de génotypage basée sur la réaction de polymérisation en chaîne (PCR) dans laquelle une matrice génomique est amplifiée par une seule amorce courte choisie aléatoirement. Les profils typiques consistent en un petit nombre de produits amplifiés de longueur supérieure à 2 kpb, séparés par électrophorèse.

RAPD est une forme spéciale de réaction en chaîne par polymérase. La méthode a été décrite pour la première fois en 1990.

Illustration schématique de la RAPD :

L'ADN polymorphe amplifié au hasard (RAPD) est une technique basée sur la PCR qui utilise des amorces arbitraires qui se lient aux sites non spécifiques de l'ADN et amplifient l'ADN. Ces fragments amplifiés sont ensuite migrés sur gel d'agarose et une différence dans le motif de bande est observée.

Explications

Dans la RAPD, de courtes amorces d'une longueur de 8 à 12 nucléotides sont utilisées, qui ont été générées de manière aléatoire. À partir de l'ADN génomique, seules les zones de séquence d'ADN qui sont entourées par la séquence de l'amorce se multiplient ensuite. Avec des amorces appropriées, des motifs de bandes individuels aboutissent à une électrophorèse, qui permet de comparer le matériel génétique de différents organismes sans les connaître en détail. Aucun séquençage complexe n'est requis.

En pratique, la méthode est utilisée pour étudier la relation phylogénétique entre les espèces animales et végétales.

L'acronyme RAPD (en anglais, Random Amplification of Polymorphic DNA) est un type de marqueur moléculaire basé sur la réaction en chaîne par polymérase. Les fragments d'ADN obtenus au moyen de cette technique sont amplifiés dans des régions aléatoires du génome car les initiateurs ou amorces de la réaction sont des séquences arbitraires d'ADN synthétique.

C'est l'une des techniques les plus polyvalentes depuis qu'elle a été développée en 1990. Elle est très confortable, rapide, nécessite peu d'ADN qui n'a pas besoin d'être très pur, ne présuppose pas de connaissances préalables sur la séquence, et de nombreux organismes peuvent être distingués rapidement et simultanément.

Ses inconvénients sont que les fragments amplifiés ne correspondent généralement pas à un ADN lié à un caractère quelconque, mais plutôt redondant, et qu'il ne donne aucune information sur le nombre de copies que contient l'ADN génomique de la séquence amplifiée.

Cette technologie a été utilisée pour l'analyse de la diversité génétique, la sélection, et la différenciation des lignées clonales.

Cette technique est basée sur l'utilisation d'un seul oligonucléotide de 10 pb qui s'hybride de manière aléatoire avec l'ADN étudié. Pour qu'un fragment RAPD soit généré, il est nécessaire que les deux brins de l'ADN étudié aient des sites d'hybridation avec l'oligonucléotide dans des orientations opposées suffisamment proches (moins de 3 000 pb) pour permettre l'amplification.

La séquence de l'oligonucléotide est aléatoire, tout comme les sites d'hybridation, de sorte que la séquence amplifiée est inconnue. le polymorphisme que l'on observe entre différents individus consiste en la présence ou l'absence de fragments d'ADN amplifiés, il présente un héritage dominant car il ne permet pas de distinguer les homozygotes des hétérozygotes, car l'information qu'il nous donne est la présence ou l'absence des bandes.

D'autre part, elle a l'avantage qu'il s'agit d'une technique anonyme, c'est-à-dire qu'elle ne nécessite pas une connaissance approfondie du génome pour la réaliser.

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