Définition contamination:
D'une façon très générale, une contamination qualifie un milieu possédant un excès de contaminants. Dans une culture bactérienne, la contamination bactérienne permet de mettre en exergue une bactérie spécifique, comme la bactérie E\. coli.
Appliquée à la conchyliculture, en se nourrissant dans une eau contaminée, les coquillages concentrent les microbes (préférentiellement liés au particulaire) à leur surface (mucus) et dans leur tube digestif. Ce phénomène physiologique naturel est réversible: plongés dans une eau de mer propre (= indemne de contamination microbiologique) les coquillages vont se décontaminer "naturellement". C'est ce mécanisme naturel qui est mis en œuvre dans les établissements de purification des coquillages pour décontamination.