Gène de ménage

Définition

Un gène de ménage est un gène qui s'exprime dans tous les types cellulaires et dont les produits assurent les fonctions indispensables à la survie des cellules. Ils ne subissent donc pas de régulation. Les gènes de ménage forme l'expression des gènes ou l'expression génique.

Les gènes de ménage représentent l'ensemble minimal de gènes requis pour soutenir la vie.

La détection des gènes de ménage :

Les problèmes survenant dans la détection des gènes de ménage sont : (1) Les gènes ayant plusieurs variantes d'épissage pourraient avoir différents niveaux d'expression pour différentes parties du gène. (2) Les régions dupliquées peuvent biaiser la mesure du niveau d'expression. (3) Expression plus faible (en moyenne) des exons en amont due à une transcription inverse imparfaite résultant en des molécules d'ADNc partielles.

Fonctions

Les gènes de ménage sont généralement des gènes constitutifs qui sont nécessaires au maintien des fonctions cellulaires basales qui sont essentielles à l'existence d'une cellule, quel que soit son rôle spécifique dans le tissu ou l'organisme.

Ainsi, ils sont exprimés dans toutes les cellules d'un organisme dans des conditions normales et physiopathologiques, quels que soient le type de tissu, le stade de développement, l'état du cycle cellulaire ou le signal externe.

Utilisations

Les gènes de ménage sont largement utilisés comme contrôles internes pour les études expérimentales. La fiabilité de toute expérience relative de RT-PCR (Reverse transcription polymerase chain reactionpeut être améliorée en incluant un contrôle endogène invariant (gène de référence) dans le test pour corriger les variations d'échantillon à échantillon de l'efficacité de la RT-PCR et les erreurs de quantification des échantillons.

Un rapport biologiquement significatif des nombres de copies d'ARNm cibles nécessite une normalisation précise et pertinente à un certain standard et est fortement recommandé dans la RT-PCR quantitative.

Caractéristiques des gènes de ménage

Le groupe de gènes domestiques (gènes de ménage) réunit des caractéristiques génomiques et évolutives uniques. Ils ont par exemple des introns et des exons plus courts, des séquences répétées plus simples et un potentiel de formation de nucléosomes plus faible dans la région 5′. Néanmoins, la collecte de nouvelles données sur d'éventuels gènes de ménage se heurte aux mêmes problèmes de fiabilité qu'ils sont utilisés pour compenser. Plusieurs variantes d'épissage, régions duplicatives et l'expression générale plus faible des exons en amont provoquée par des erreurs de transcriptase inverse compliquent l'interprétation des résultats de la RT-PCR.

Un autre problème est la définition des gènes de ménage eux-mêmes. Est-il suffisant de rechercher des gènes exprimés dans tous les tissus, ou les gènes devraient-ils également être exprimés à un niveau constant à travers les tissus ? Les premières études ont généralement adopté la première définition et, en fait, la GAPDH et d'autres gènes de ménage populaires pour les contrôles expérimentaux se sont avérés varier considérablement d'un tissu à l'autre.

C'est pourquoi, avant de commencer une nouvelle expérience, il est conseillé de passer en revue la littérature et les informations techniques dans votre domaine pour déterminer quel (s) gène (s) les autres chercheurs utilisent couramment. Il est recommandé d'utiliser plusieurs gènes de ménage pour chaque expérience d'expression génique, afin de tenir compte de tout impact qu'une condition expérimentale peut avoir sur l'expression d'un gène de ménage individuel.

Liste des gènes de ménage

Ci-dessous, vous pouvez trouver une liste des gènes de ménage importants (le symbole du gène est indiqué entre parenthèses) :

• ARN ribosomal 18S (RRN18S);
• actine, bêta (ACTB);
• glycéraldéhyde et phosphate déshydrogénase avec la glycéraldéhyde-3-phosphate déshydrogénase (GAPDH);
• phosphoglycérate kinase 1 (PGK1);
• Peptidylprolyl isomérase A (PPIA);
• protéine ribosomale L13a (RPL13A);
• Protéine ribosomale P0 (RPLP0);
• Ribosomal acide phosphoprotéine PO (ARBP);
• Bêta-2-microglobuline (B2M);
• tyrosine Protéine d'activation 3-monooxygénase / tryptophane 5-monooxygénase, polypeptide zêta (YWHAZ);
• Succinate déshydrogénase complexe, sous-unité A, flavoprotéine (Fp) (SDHA);
• récepteur de transferrine (TFRC);
• Glucuronidase, bêta (GUSB);
• Hydroxyméthylbilane synthase (HMBS);
• hypoxanthine phosphoribosyltransférase 1 (HPRT1);
• Protéine de liaison à la boîte TATA (TBP);

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