Hydropathie
Définition
L'indice d'une hydropathie, en biochimie, est une mesure permettant de déterminer le caractère hydrophile ou hydrophobe de la chaîne latérale d'un acide aminé. Une valeur positive de l'index correspond à un comportement hydrophobe du segment et une valeur négative correspond à un comportement hydrophile. Une "-pathie" est une affinité pour quelque chose.
Un graphique comparatif d'hydropathie de Kyte-Doolittle :
Un graphique comparatif d'hydropathie de Kyte-Doolittle du caractère hydopathique de la protéine cytochrome oxydase II de primate utilisant une cartographie mutationnelle pour résumer plusieurs séquences. Les régions transmembranaires sont indiquées en rouge et les points verts montrent les acides aminés prédits impliqués dans le transport des électrons. L'emplacement des domaines transmembranaires est indiqué en haut du graphique.
Explications
L'hydropathie permet de connaître la nature hydrophobe d'une région d'une protéine grâce à la séquence d'acide aminés. L'index d'hydropathie a été proposé en 1982 par Jack Kyte et Russell F. Doolittle.
À partir de plusieurs valeurs d'hydropathie, on peut créer un profil d'hydropathie; il devient une représentation graphique séquençant chacune des positions dans la séquence polypeptidique d'une protéine, la valeur moyenne de l'index d'hydropathie d'un segment de 20 acides aminés centrée autour de cette position.
Plus le nombre de l'indice d'hydropathie est élevé, plus l'acide aminé est hydrophobe. Les acides aminés les plus hydrophobes sont l'isoleucine (4,5) et la valine (4,2). Les plus hydrophiles sont l'arginine (-4,5) et la lysine (-3,9). Ceci est très important dans la structure des protéines; les acides aminés hydrophobes ont tendance à être internes (en ce qui concerne la forme tridimensionnelle de la protéine) tandis que les acides aminés hydrophiles sont plus couramment trouvés vers la surface des protéines.
Un tracé d'hydropathie est une analyse quantitative du degré d'hydrophobie ou d'hydrophilie des acides aminés d'une protéine. Il est utilisé pour caractériser ou identifier la structure ou les domaines possibles d'une protéine. L'analyse de la forme du tracé donne des informations sur la structure partielle de la protéine. Par exemple, si un tronçon d'environ 20 acides aminés se révèle positif pour l'hydrophobie, ces acides aminés peuvent faire partie d'une hélice alpha s'étendant sur une bicouche lipidique, qui est composée d'acides gras hydrophobes. Au contraire, les acides aminés à forte hydrophilie indiquent que ces résidus sont en contact avec du solvant ou de l'eau et qu'ils sont donc susceptibles de résider sur la surface externe de la protéine.
Synonymes, antonymes
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1 antonyme (sens contraire) :
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