Rétrotransposition
Définition
La rétrotransposition implique la transcription d'un élément, la transcription inverse de la copie d'ARN en un ADNc par une transcriptase inverse codée par l'élément et l'intégration de l'ADNc dans un nouveau site génomique. La rétrotransposition des transcrits de gènes entraîne une variation structurelle dans les génomes des mammifères.
Processus de rétrotransposition :
Les mécanisme du processus de rétrotransposition est illustré par un test génétique pour la détection de cellules qui subissent un événement de rétrotransposition de l'élément chromosomique Ty1his3AI.
Explications
La rétrotransposition est supprimée par de petits ARN interférents codés de manière endogène dans les cellules humaines cultivées. Les transcriptions de fusion et loci rétrotransposés transcrits ont été découverts grâce à une analyse complète du transcriptome à l'aide de diTags pairés (PET).
Mécanisme de rétrotransposition
Bien que le mécanisme de rétrotransposition ne soit pas complètement compris, il est clair qu'au moins deux activités enzymatiques sont utilisées. L'une est une intégrase, qui est une endonucléase qui se fend au site d'intégration pour générer une rupture décalée. L'autre est l'ADN polymérase ARN-dépendante, également appelée transcriptase inverse.
Ces activités sont encodées dans certains rétrotransposons autonomes, y compris les rétrotransposons LTR tels que les provirus rétroviraux et les rétrotransposons non-LTR tels que les éléments LINE1.
La transcription de l'ARN de l'élément transposable interagit avec le site de clivage au site cible de l'ADN. Un brin d'ADN sur le site d'intégration clivé sert d'amorce pour la transcriptase inverse. Cette ADN polymérase copie ensuite l'ARN dans l'ADN. Cette copie de l'ADNc du rétrotransposon doit être convertie en un produit double brin et insérée à une pause échelonnée sur le site cible.
Les enzymes nécessaires pour joindre la transcription inverse (premier brin de la nouvelle copie) à l'autre extrémité de la rupture décalée et pour la synthèse du deuxième brin n'ont pas encore été établies. Peut-être que certaines fonctions de réparation de l'ADN cellulaire sont utilisées.
Variation structurelle génomique
Le processus de rétrotransposition des gènes est une source importante de matériel pour la formation de nouveaux gènes à des échelles de temps évolutives. La plupart des travaux antérieurs sur la découverte de la rétrocopie de gènes ont comparé des copies dans des assemblages de génomes de référence à leurs gènes sources.
Les polymorphismes d'insertion de rétrocopie de gènes (GRIP) sont présents dans les lignées germinales d'humains, de souris et de chimpanzés. Des insertions de rétrocopie de gènes dans les tissus somatiques cancéreux sont absents des génomes non cancéreux appariés aux patients.
Pseudogènes transcrits, transformés et traités
Les pseudogènes transcrits proviennent de la rétrotransposition (ARN qui a été rétro-transcrit en une séquence d'ADN intégrée dans le génome), ne contiennent pas d'introns et sont situés sur des chromosomes différents de ceux des gènes dont ils proviennent.
La rétrotranscription n'est pas un processus de haute fidélité, et les pseudogènes transcrits accumulent de nombreuses mutations qui altèrent la fonction de la protéine codée et la régulation du gène rétrotranscrit (rétrotransposon). Parce que les pseudogènes traités manquent de promoteurs et sont exprimés au moyen d'autres éléments régulateurs, leur régulation transcriptionnelle diffère généralement de celle de leurs gènes parentaux.
En général, les pseudogènes transcrits trouvés dans les introns peuvent "faire de l'auto-stop" sur la machinerie transcriptionnelle de leurs gènes hôtes et sont plus fréquemment exprimés que les pseudogènes transformés trouvés dans les régions intergéniques.
Synonymes, antonymes
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