Auxotrophe

Définition

Un auxotrophe qualifie un organisme (micro-organisme, moisissure) auquel il faut fournir un facteur de croissance qu'il ne peut plus synthétiser.

Est auxotrophe tout micro-organisme, ou gène, ayant fait l'objet d'une mutation, incapable de synthétiser certains métabolites nécessaires à sa croissance et résultant d'une inaptitude génétique à produire les enzymes d'une voie métabolique.

Le phénotypage auxotrophe de l'uracile :

Transformants de phénotypage auxotrophe de l'uracile et la résistance au 5-FOA. (A) Les transformants ont été sélectionnés et répliqués dans trois conditions de croissance, chaque position sur la plaque correspondant à un seul transformant. La position la plus haute est le contrôle de type sauvage. Les transformants aux positions 6, 7, 11, 15 et 20 présentaient le phénotype auxotrophe d'uracile souhaité (plaque centrale). (B) Une sous-culture d'un auxotrophe uracile par rapport au contrôle de type sauvage. Les temps d'incubation variaient de 5 à 10 jours à 30 °C. L'incubation sur des milieux contenant du 5-FOA a nécessité 10 jours pour une croissance comparable aux milieux sans 5-FOA.

Explications

Un organisme autotrophe peut devenir auxotrophe (par auxotrophie) à cause de l'absence ou de la mutation d'une enzyme indispensable à la synthèse des molécules organiques essentielles.

Auxotrophe se dit essentiellement d'un organisme unicellulaire, d'une souche, dont la croissance nécessite un apport exogène d'une substance, lorsqu'il est inapte à la synthétiser notamment à la suite d'une mutation. Cette propriété est l'auxotrophie.

Exemple

La kératite fongique (FK) est une infection menaçant le site de la cornée associée à un traumatisme oculaire et au port de lentilles de contact. Les membres du complexe d'espèces Fusarium solani (FSSC) sont des agents prédominants de FK dans le monde, mais les gènes qui soutiennent leur virulence cornéenne sont mal compris. Afin de renforcer l'analyse génétique des agents pathogènes FSSC, nous avons cherché à utiliser un système CRISPR/Cas9 dans un isolat FK identifié comme Fusarium petroliphilum.

Cette approche implique l'introduction de deux composants dans des protoplastes fongiques :

1. une protéine Cas9 purifiée complexée avec des ARN guides qui dirigeront la ribonucléase pour couper de chaque côté du gène d'intérêt;
2. une "matrice de réparation" composé d'une cassette de résistance à l'hygromycine flanquée de 40 pb d'homologie en dehors des coupes Cas9.

De cette manière, les cassures double brin induites par Cas9 devraient potentialiser le double remplacement homologue de la matrice de réparation au locus souhaité. Nous avons ciblé un orthologue ura3 putatif car sa suppression entraînerait une auxotrophie facilement discernable de l'uracile. En effet, 10 % des transformants résistants à l'hygromycine présentaient le phénotype auxotrophe, qui abritaient tous la délétion attendue du gène ura3.

En revanche, aucun des transformants du contrôle de la matrice de réparation (c'est-à-dire, aucun Cas9) n'a affiché le phénotype auxotrophe, indiquant que la coupure de Cas9 était en effet nécessaire pour favoriser l'intégration homologue. Ensemble, ces données démontrent que le système Cas9 in vitro est une approche simple et efficace pour la génétique inverse dans les organismes FSSC, y compris les isolats cliniques, ce qui devrait améliorer la recherche sur la virulence de ces pathogènes oculaires importants mais peu étudiés.

En rapport avec "auxotrophe"

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  Un autotrophe est un organisme qui synthétise de la matière organique à partir de matière inorganique, en utilisant les minéraux, de l'énergie lumineuse...

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  Un biotrophe est un organisme qui se nourrit aux dépens d'un autre organisme.

• chimioautotrophe

  

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