Microbiote

Définition

Un microbiote désigne l'ensemble des micro-organismes qui colonisent un site spécifique, qu'il s'agisse d'un environnement biologique, d'un habitat particulier ou même d'une période géologique définie.

Le microbiote intestinal, en particulier, est souvent qualifié de second réservoir génétique au sein de l'organisme animal. Il représente une communauté de micro-organismes commensaux, symbiotiques ou, à l'occasion, pathogènes, résidant dans le tube digestif.

Des microbiotes dans un intestin :

Par définition, un microbiote regroupe des entités microbiennes établies sur des surfaces corporelles telles que la peau ou les muqueuses superficielles, y compris les intestins. Tous les organismes animaux cohabitent avec des microbiotes, qu'il s'agisse des microbiotes internes ou externes. Ces communautés contribuent notamment à la protection contre les microbes pathogènes.

Explications

Un microbiote inclut la totalité des micro-organismes -bactéries, champignons microscopiques et protistes- présents dans un environnement donné (le microbiome). Ce concept est souvent mobilisé dans les contextes médicaux et biologiques, notamment en raison des évolutions taxonomiques affectant sa définition.

En microbiologie, on entend par microbiotes l'ensemble des bactéries et autres micro-organismes qui peuplent un écosystème spécifique, tels que les habitats corporels d'un hôte animal. Les micro-organismes présentant des traits similaires à ceux des animaux sont regroupés sous la classification de microfaune.

⭐ Voir le microbiote résident, et pour la bouche (buccal), voir aussi le microbiote buccal.

Les microbiotes sont équivalents à la composition de la flore physiologique humaine, dans le tractus gastro-intestinal; elle est alors qualifiée de flore intestinale. Le terme microflore est commun car historiquement, on parlait de flore intestinale.

Dans le tractus gastro-intestinal humain, les microbiotes correspondent à la composition physiologique de la flore intestinale. Bien que le terme *microflore* soit souvent employé par convention historique, il désigne la même entité, autrefois appelée flore intestinale.

Les microbiotes ne se limitent pas au corps animal : on les retrouve également dans les sols (notamment dans l'humus et les couches pédologiques) ainsi que dans les milieux aquatiques, tels que le benthos ou certaines réserves d'eau. Ces écosystèmes abritent ce que l'on nomme des microbiotes autochtones.

La flore microbienne (ou bactérienne) correspond à une communauté de bactéries exogènes vivant sur ou dans un organisme hôte dans une relation écologique souvent symbiotique ou mutualiste. Ces interactions entre les micro-organismes et leur hôte génèrent une relation bénéfique pour les deux parties.

Chez l'humain, par exemple, le corps constitue un écosystème riche et diversifié pour une multitude de microbes regroupés sous le terme de *flore microbienne normale*. À titre d'illustration, une personne moyenne dissémine environ 37 millions de bactéries par heure dans son environnement immédiat. Cette interaction mutualiste joue un rôle clé dans la physiologie de l'hôte et pourrait influer sur des caractéristiques telles que l'obésité, notamment en lien avec la flore intestinale.

Des études scientifiques suggèrent que les microbiotes jouent un rôle non négligeable dans diverses pathologies, comme la sclérose en plaques. Par ailleurs, les recherches sur la flore bactérienne ouvrent des perspectives dans de nombreux domaines industriels, notamment via le développement de probiotiques et autres compléments alimentaires.

Les probiotiques, composés de micro-organismes vivants, sont supposés exercer des effets bénéfiques sur la santé et sont étudiés dans le cadre de maladies gastro-intestinales ou d'allergies. De plus, certains régimes dits "microbiotiques" visent à réduire l'obésité tout en procurant un effet ventre plat.

On distingue notamment la microflore intestinale (regroupant divers micro-organismes présents dans le système digestif humain), ainsi que la flore vaginale particulière au microbiote du vagin. Chez les ruminants, une riche microflore est observée dans le rumen. Par ailleurs, les microflores jouent un rôle central dans la formation des phytoplanctons en milieu aquatique, en particulier parmi des représentants tels que les cyanobactéries, diatomées et algues vertes.

L'ensemble du matériel génétique d'un microbiote est désigné sous le terme de métagénome. Par comparaison, un organisme animal ou végétal exempt de microbiote porte la dénomination de gnotobiotique (gnotique signifiant "connu"). La discipline dédiée à l'étude des gnotobiotes s'intitule gnotobiologie.

Les avancées récentes en biologie moderne exploitent pleinement la méthodologie métagénomique pour approfondir la connaissance des micro-organismes constituant le microbiote dans divers écosystèmes.

Voir les animaux gnotobiotiques, les gnotobiotes, la gnotobiose, et en complément, la métabiose avec les métabiotes (ou métabiontes).

En rapport avec "microbiote"

• dysbiose

  

  La dysbiose est un déséquilibre microbien (dysbactériose) qui peut se manifester à l'intérieur ou sur l'organisme, notamment par un microbiote endommagé.

• flore résidente

  

  La flore résidente est un ensemble de micro-organismes, une flore qui existe en permanence dans ou sur les organismes, par opposition à la flore transitoire.

• microbiome

  

  Le microbiome représente l'ensemble des microbes, tels que les bactéries, champignons, protozoaires et virus, qui habitent une zone restreinte, à la surface...

• microbiote buccal

  

  Le microbiote buccal, ou la flore buccale, est la totalité des micro-organismes qui colonisent la cavité buccale.