Délétion

Définition

En génétique, la délétion est une perte de segments chromosomiques, ou la perte des bases d'une ou plusieurs paires de bases d'un gène. Elle est une mutation dans laquelle la quantité de matériel génétique diminue. Elle consiste en une perte d'un segment d'ADN pouvant aller d'une paire de base à un segment de chromosome (délétion chromosomique).

La délétion d'un chromosome :

Une délétion génique est une variante de la mutation génique ou chromosomique (et donc une aberration) dans laquelle une séquence nucléotidique ou une partie d'une séquence nucléotidique est supprimée, manquante. Une délétion est toujours une perte de matériel génétique.

Explications

Une délétion génétique est un type particulier d'anomalie chromosomique structurelle qui consiste en la perte d'un fragment d'ADN d'un chromosome. Cette perte provoque un déséquilibre, de sorte que les suppressions sont incluses dans les réarrangements structurels déséquilibrés. Le porteur d'une délétion est monosomique par rapport à l'information génétique du segment correspondant de l'homologue normal, donc parfois les délétions sont appelées monosomies partielles.

✅ Les différents types de mutations génétiques sont : la délétion, la duplication, l'inversion, l'insertion, la translocation. Ce sont des aberrations chromosomiques, ou des maladies génétiques, avec interférence dans le génome.

L'origine des délétions peut être une simple rupture chromosomique et une perte du segment acentrique. Dans certains cas, les délétions sont le résultat d'un croisement inégal entre des chromosomes homologues ou des chromatides soeurs mal alignées. Ils peuvent également être produits dans la progéniture par une ségrégation anormale d'une translocation équilibrée ou une inversion des parents.

⭐ Si le processus se répète en boucle, il s'agit d'une boucle de délétion.

Types de délétions

Les délétions (suppressions, effacements) peuvent intervenir n'importe où sur le chromosome. Selon l'endroit où la perte du matériel génétique a lieu, ils peuvent être classés comme suit :

• Délétion proximale : le segment d'ADN manquant est près du centromère.
• Délétion distale : la perte du matériel génétique a lieu à proximité des télomères.

Selon le nombre de points de rupture dans le chromosome :

• Délétion terminale : une seule rupture survient dans le chromosome et tout le matériel génétique est perdu.
• Délétion interstitielle : il y a deux points de rupture dans le bras du chromosome. Le matériel génétique entre eux est absent et les parties restantes du chromosome fusionnent, provoquant un raccourcissement du bras mais avec le même début et la même fin.

Certaines délétions sont si petites qu'elles ne peuvent pas être appréciées sous un microscope optique et sont appelées microdélétions.

Incidence

Les délétions autosomiques visibles sur le plan cytogénétique ont une incidence d'environ 1/7 000 naissances vivantes. Les plus petites délétions submicroscopiques détectées par analyse par microréseau sont beaucoup plus fréquentes, bien que la signification clinique de ces microdélétions n'ait pas encore été déterminée.

Détection

Pour détecter une délétion trop petite pour être détectée dans les extensions métaphases, des techniques de bandes haute résolution ou la technique FISH sont souvent utilisées. Pour être détectée par bande haute résolution, la suppression doit être d'au moins plusieurs millions de paires de bases. En revanche, la technique FISH et les techniques de microréseau peuvent détecter des délétions caryotypiquement indétectables ou des délétions délétères avec des conséquences phénotypiques en utilisant des sondes spécifiques de la région d'intérêt.

Conséquences

En conséquence clinique, l'haploinsuffisance est reflétée, c'est-à-dire l'incapacité de la copie unique du matériel génétique à remplir les fonctions normalement accomplies par les deux copies. Les conséquences semblent dépendre de la taille du segment supprimé et le nombre et les fonctions des gènes qui contiennent la délétion du matériel génétique peuvent affecter d'un seul nucléotide (délétion ponctuelle) à de grandes régions cytogénétiquement visibles.

La délétion d'un gène ou d'une partie d'un gène peut provoquer une maladie ou une anomalie. Parmi ceux-ci, les suivants se distinguent :

• syndrome de miaulement de chat (délétion du bras court du chromosome 5).
• Syndrome de Prader-Willi (délétion du bras long du chromosome 15).
• Syndrome d'Angelman (délétion d'une région du chromosome 15).
• Syndrome de délétion 22q13 (délétion de l'extrémité distale du bras long du chromosome 22).

Certaines délétions concernent la perte d'une partie encore plus petite, une ou quelques bases, également appelée mutation ponctuelle. Les mutations ponctuelles peuvent également avoir des conséquences majeures si un gène ou un promoteur est affecté. Une mutation ponctuelle dans une protéine conservée de façon évolutive n'est souvent pas viable. La drépanocytose est un exemple de mutation ponctuelle avec des conséquences majeures.

D'autres délétions sont très grandes, donc des parties entières du chromosome peuvent être manquantes. De telles délétions sont observées, entre autres choses, dans les tumeurs malignes. Les grandes délétions peuvent inactiver un gène suppresseur de tumeur. Les gènes des tumeurs suppressives inhibent la formation du cancer. Il est également possible qu'un proto-oncogène devienne un oncogène en raison d'une délétion. Un oncogène peut augmenter la malignité d'une tumeur en raison de l'augmentation de l'activité ou de l'augmentation de l'expression.

Une délétion majeure entraînera souvent la mort cellulaire spontanée (nécrose); il est également possible qu'une délétion déclenche une cellule pour contrôler la mort cellulaire (apoptose).

Effets

À la suite de la délétion, l'ARNm produit à partir de l'ADN peut former une protéine défectueuse après traduction. Parce que la suppression de paires de bases peut provoquer une mutation de décalage de trame si un certain nombre de paires de bases ont été supprimées qui ne sont pas divisible par trois.

Cependant, si un triplet de codon/base entier est enlevé, très probablement une protéine défectueuse sera formée - puisqu'il manque un acide aminé - mais le cadre de lecture ne changera pas. Comme il peut arriver que la protéine résultante soit encore partiellement fonctionnelle et provoque un phénotype plus faible. Une mutation nulle, d'autre part, serait la perte complète de la fonction du gène.

✅ Lorsque les microdélétions endommagent plusieurs gènes contigus et déclenchent des effets phénotypiques indépendants, on parle de syndrome de gène contigu.

De nombreuses délétions sont également trouvées chez des individus phénotypiquement discrets (c'est-à-dire sains). De tels polymorphismes sont également appelés "variants de nombre de copies "(ou en général des "variantes structurelles"). Un vaste catalogue de ces variantes a été publié dans les années 2010 et 2011 par le "1 000 Genome Project".

Indel

Des effets similaires à la délétion de séquences nucléotidiques sont l'insertion de séquences supplémentaires (insertion génétique). La combinaison de deletion et d'insertion de séquences nucléotidiques est dans certains cas impossible à résoudre dans les parties de deletion ou d'insertion, et est appelée dans ces cas "Indel" (contraction de Insertion-Délétion).

En rapport avec "délétion"

• paire de bases

  

  En génétique, une paire de bases est une base, azotée, une nucléobase. Elles sont associées deux à deux par une liaison hydrogène dans un acide nucléique.

• boucle de délétion

  

  Lors de l'appariement de chromosomes homologues, une boucle de délétion est une boucle d'ADN qui se forme sur un des chromosomes si l'autre a subi une délétion...

• chromosome

  

  Un chromosome est une structure très organisée formée par l'ADN et des protéines.

• chromosome en écouvillon

  

  Les chromosomes en écouvillon sont des structures transitoires qui existent au cours d'un diplotène étendu de la première division méiotique dans...