Définition protomère:
En biologie structurale, un protomère est l'unité structurelle d'une protéine oligomère ou du capsomère d'un virus. Un protomère peut être une sous-unité de la protéine ou plusieurs sous-unités différentes, qui se rencontrent dans une stoechiométrie définie pour former un oligomère. Le protomère est le plus petit ensemble de différentes sous-unités qui composent l'oligomère. Le protomère organise généralement sous forme de symétrie cyclique des symétries fermées en groupe de points. Les protomères constituent la principale sous-unité d'une capside virale.
Différentes chaînes polypeptidiques (sous-unités) sont classiquement désignées par des lettres grecques. Le nombre de chaque sous-unité du complexe oligomère est indiqué par l'indice, semblable à une formule chimique des éléments.
Par exemples:
- L'hémoglobine est composée de deux chaînes α et de deux chaînes β. La stoechiométrie oligomère est donc α2β2. L'hémoglobine est un hétérotétramère composé de quatre sous-unités (deux α et deux β). C'est un dimère de deux protomères αβ.
- La carbamoyltransférase aspartate a une composition de sous-unités α6β6. Les six αβ-protomères sont disposés en symétrie 3D.
Autrement exprimé, un protomère fait partie d'un complexe protéique (c'est-à-dire d'une protéine constituée de deux chaînes polypeptidiques ou plus associées), qui est défini de manière à ce que le complexe ne soit constitué que de protomères identiques. Les protomères peuvent à leur tour être constitués d'une ou plusieurs sous-unités différentes (chaînes polypeptidiques).