Espèce type

Définition

En classification, l'espèce type est une espèce d'un phylum qui sert de modèle à la définition d'un genre. Elle peut être un biotype d'une souche biologique. Si l'espèce st la seule du genre, elle est également un monotype. Le principe de type est quasiment exclusif à la zoologie.

L'espèce type est associée en permanence à un nom particulier d'un genre, un nom d'un sous-genre ou à un autre rang taxonomique inférieur à celui du genre. Au sein des rangs taxonomiques supérieurs, il existe généralement un genre type, voire une famille type.

Une classification des animaux avec des espèces types :

Diagramme avec une classification des animaux avec des espèces types pour chaque grand groupe.

Explications

Les espèces types sont déclinées selon leur qualité : holotype, syntype, lectotype, paratype, néotype, paralectotype, phylotype, souche type, type biologique et accessoirement, localité type.

Le type en biologie

Dans la dénomination biologique, un type est ce qui ancre un nom dans un taxon. Selon le Code appliqué (ICZN pour les animaux et ICBN pour les plantes) à l'organisme nommé, un type peut être :

1. un exemplaire, ou plusieurs exemplaires ensemble. Un spécimen peut être constitué d'un organisme complet, d'une partie d'un organisme ou de plusieurs organismes;
2. une culture;
3. un taxon;
4. une illustration;
5. une description.

Pour le nom d'une espèce ou d'une sous-espèce, le type est un ou plusieurs spécimens.

Dans la publication originale, dans laquelle le taxon tire son nom, l'auteur original listera le matériel sur lequel il le fonde. Tous les individus qu'il mentionne ensemble forment la série type, à l'exception des exemplaires que l'auteur exclut (explicitement). Le concept d'espèce type a été introduit par Pierre André Latreille (1762–1833) vers 1802.

À proprement parler, une espèce type n'existe que dans la nomenclature zoologique. Comme indiqué à l'article 42.3 de l'ICZN (Code international de nomenclature zoologique), l'"espèce type" est le type du nom d'un genre ou d'un sous-genre. Ceci est défini comme "... l'espèce nominale qui génère le type de nom d'un genre ou sous-genre nominal".

Dans la nomenclature botanique, le type d'un nom de genre est le spécimen ou l'illustration (ICBN, Art 10.1, 8.1 et 10.4). Ce type sera généralement le type d'une espèce incluse, et dans ce cas il peut être indiqué par le nom de cette espèce (Art 10.1). De manière informelle, par commodité, cette espèce est appelée "espèce type", mais la définition n'a aucune validité formelle.

En zoologie

Le type du nom (épithète spécifique) de l'espèce type est, à son tour (en règle générale), une instance individuelle de cette espèce.

Si, en raison de nouvelles connaissances scientifiques, un genre doit être divisé en deux ou plusieurs genres distincts, alors le nom de l'ancien genre reste lié à la partie du genre qui comprend l'espèce type; les genres séparés reçoivent alors d'autres noms.

Si l'espèce type d'un genre est placée dans un genre différent, le nom de cet ancien genre devient automatiquement synonyme du nom de cet autre genre, que d'autres espèces de l'ancien genre aient été transférées avec l'espèce type ou non. Un nom différent doit être utilisé pour toute espèce restante (sauf si la conservation est possible).

🚩 En zoologie, l'élément verbal "type" est utilisé dans une variété de termes, bien que tous les mots ainsi composés ne se réfèrent en aucun cas à de vrais types, tels que "l'allotype" (une instance du sexe opposé, en plus de l'holotype). Seul un holotype, un lectotype ou un néotype est un type (et les syntypes ensemble sont le type).

En botanique

Le type d'un genre en botanique est un spécimen (généralement dans un herbier) ou une illustration (généralement dans une publication). En règle générale, ce type sera aussi le type d'une espèce, et pourra alors être indiqué par le nom de cette espèce. Populairement, cela s'appelle aussi "l'espèce type", mais l'expression n'a pas de statut formel en botanique.

Dans le guide des espèces

Dans le guide encyclopédique des espèces d'AquaPortail, la grande majorité des genres décrits proposent le taxon de l'espèce type. Par exemple, pour le genre de petits poissons Néons, Paracheirodon innesi est déclaré être l'espèce type du genre Paracheirodon.

✅ Parfois, une espèce est tellement populaire qu'il serait possible de penser qu'elle est l'espèce type, mais il n'en est rien. À titre de contre-exemple, dans le genre Danio, si D. rerio et D. margaritatus sont deux des "chouchous" des aquariophiles, la véritable espèce type du genre Danio est Danio dangila, un taxon quasi-inconnu du grand public.

Génétypes (gènes type)

Un génétype (à rapprocher du génotype) est un ensemble de gènes types. Les génétypes sont un concept taxonomique proposé en 2010 pour décrire toute séquence génétique à partir de spécimens types. Cette nomenclature intègre la systématique moléculaire et les termes utilisés en taxonomie biologique. Cette nomenclature est conçue pour marquer ou marquer les séquences génétiques qui ont été échantillonnées à partir de spécimens types. La nomenclature des gènes types propose que les séquences génétiques d'un holotype soient appelées hologénétype (de holotype et génétique), les séquences d'un topotype devraient être un "topogénétype", et ainsi de suite. De plus, le(s) marqueur(s) génétique(s) utilisé(s) devra(ont) être incorporé(s) dans la nomenclature (par exemple paragénétype ND2).

Le système de nomenclature des gènes types pourrait être utilisé pour signaler les séquences ADN de référence qui, en raison de leur lien direct avec les spécimens types, seront plus crédibles que les séquences standard dont l'identification des espèces peut être problématique. Les erreurs d'identification affectent de nombreuses séquences sur GenBank (banque de données génétiques) et le fait d'avoir des séquences liées à des spécimens types aidera à localiser et à gérer les erreurs d'identification et à créer des séquences "standard" positivement identifiées et disponibles pour la comparaison. Il est suggéré que cette nomenclature soit utilisée dans les publications et les bases de données qui affichent ou discutent des séquences de spécimens types.

Le concept de génétype a été remplacé par le concept GenSeq, proposé en 2013 en raison d'une certaine confusion parmi les chercheurs selon laquelle les types de gènes étaient équivalents aux types portant un nom.

Type porte-nom

Le type porte-nom d'une espèce, selon le Code International de Nomenclature Zoologique, le genre-type, l'espèce-type, l'holotype, le lectotype, la série de syntypes qui, ensembles, forment le type porte-nom, le néotype ou l'hapantotype qui donne l'étalon objectif de référence permettant de déterminer l'application du nom d'un taxon.

Voir aussi la localité type et la loi d'antériorité.

Dans la nomenclature zoologique, un type sert à ancrer un nom zoologique formel à un taxon. Un type est soit un taxon, soit un ou plusieurs spécimens.

Pour un nom zoologique dans un rang supérieur à celui des espèces, le type est un taxon :

• pour les noms au-dessus du rang de genre, le type est un genre, le "genre type";
• pour les noms de genres et de sous-genres, le type est une espèce, l'"espèce type" (espèce type).

Pour le nom d'une espèce ou d'une sous-espèce, le type est un ou plusieurs spécimens (où un spécimen est un animal entier ou une partie d'un animal, ou plusieurs "petits animaux").

Dans la publication originale, dans laquelle le taxon tire son nom, l'auteur original énumérera le matériel sur lequel il se base. Tous les exemplaires qu'il mentionne forment ensemble la "série type", à l'exception de ceux que l'auteur exclut (explicitement).

Il existe les options suivantes :

1. Idéalement, l'auteur original désigne un holotype. Dans ce cas, l'holotype est le type et les autres instances de la série de types sont des "paratypes" (les paratypes ne sont pas des types).
2. Lorsque l'auteur original ne désigne pas d'holotype, toutes les instances de la série de types sont des "syntypes ". Un syntype en soi n'est pas un type, mais ces syntypes forment ensemble le type.
3. Dans le cas ci-dessus (il y a des syntypes) un auteur ultérieur peut désigner une instance, un "lectotype" qui devient le type unique. Dans ce cas, les autres instances de la série de types deviennent des "paralectotypes" (les paralectotypes ne sont pas des types).
4. Dans le cas où il n'y a pas de type existant (il n'a jamais existé ou il a été perdu), un "néotype" peut être désigné. Dans ce cas, le néotype est le type. Dans certains autres cas, un néotype peut être désigné par la Commission internationale de nomenclature zoologique.

Pour un nom publié après 1999, l'auteur doit désigner explicitement un holotype ou des syntypes pour le type porte-nom.