Transportome
Définition
Un transportome est l'ensemble de tous les transporteurs et canaux membranaires qui régissent l'influx et l'efflux d'ions dans une cellule. Il réunit les symporteurs, antiporteurs et uniporteurs. Le transportome représente un réseau d'interaction complexe, où l'expression de divers transporteurs est co-régulée.
Le transport des molécules de signalisation est d'une importance majeure pour la régulation de la croissance, du développement et des réponses des plantes à l'environnement.
Explications
Les transporteurs et les canaux membranaires (collectivement le transportome) régissent l'afflux et l'efflux cellulaires d'ions, de nutriments et de médicaments. En utilisant des réseaux d'oligonucléotides, il est possible d'analyser l'expression génique du transportome dans 60 lignées cellulaires cancéreuses humaines utilisées par l'Institut national du cancer pour le dépistage des médicaments. La corrélation de l'expression génique avec les puissances de 119 médicaments anticancéreux standard a identifié des interactions médicament-transporteur connues et en a suggéré de nouvelles. Les transporteurs de folate, de nucléoside et d'acide aminé étaient corrélés positivement avec la chimiosensibilité à leurs substrats médicamenteux respectifs.
De nombreuses relations médicament-transporteur potentiels soutiennent un rôle de premier plan pour le transport membranaire dans la détermination de la chimiosensibilité. La mesure de l'expression du gène transporteur peut s'avérer utile pour prédire la réponse aux médicaments anticancéreux.
Parasite du paludisme
Le parasite du paludisme a un transportome relativement réduit, avec seulement environ 2,5 % de ses gènes codant pour des transporteurs. Même ainsi, attribuer des fonctions et des rôles physiologiques à ces protéines, et déterminer leurs contributions à l'action des médicaments et à la résistance aux médicaments, a été très difficile.
L'analyse de l'ensemble de données organisé a révélé qu'il y avait relativement peu de redondance dans le transportome de plasmodium; près des deux tiers des gènes transporteurs du parasite sont essentiels ou requis pour une croissance normale au stade sanguin asexué du parasite, et cette proportion est passée à 78 % lorsque les phénotypes de perturbation disponibles pour les autres stades de la vie du parasite ont été inclus dans l'analyse. Ces observations, ainsi que la découverte que 22 % du transportome sont impliqués dans la résistance du parasite aux antipaludéens et/ou aux médicaments existants dans le pipeline de développement, indiquent que les transporteurs sont susceptibles de servir, ou servent déjà, de cibles médicamenteuses.
L'intégration des différents ensembles de données biologiques et bioinformatiques a également permis de sélectionner des candidats pour les processus de transport connus pour être essentiels à la survie des parasites, mais pour lesquels les protéines sous-jacentes sont jusqu'à présent restées inconnues.
Synonymes, antonymes
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Mots en T à proximité
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En rapport avec "transportome"
Un symport est un mécanisme de transport actif de protéines à travers une membrane dans lequel deux molécules différentes se déplacent dans la même direction.
Une molécule de signal (signalisation cellulaire) est une molécule extracellulaire, de nature biochimique variée, qui donne une information à une cellule...
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Un transporteur ionique est un transporteur d'ions constitué de dispositifs moléculaires, les protéines, situés au niveau des membranes cellulaires, notamment...