Les premiers colonisateurs de la Dorsale des Chagos ont été les madrépores, plus connus sous le nom de Coraux qu'on leur donne vulgairement. Il existe de nombreuses théories sur la formation des récifs coralliens, et le processus qui a conduit à créer les îles maldiviennes n'est probablement pas unique. Il a en tout cas fallu qu'à un moment de son histoire géologique, la dorsale atteigne presque la surface des eaux puisque la plupart des Madrépores ne se développent pas à plus de 40 mètres de profondeur. Les mouvements tectoniques et une activité volcanique ancienne peuvent suffire à expliquer la présence à une époque d'un substrat apte à accueillir les organismes colonisateurs. Une fois le phénomène amorcé, les récifs ont grandi par accrétion, les Madrépores accumulant sur les squelettes des générations antérieures le calcaire qu'ils tirent de l'eau de mer.
Le récif le plus simple est celui qui s'élève du fond pour venir affleurer la surface ; les Maldiviens l'appellent un tilla.
Le centre des tillas finit toujours par mourir par étouffement, mise au sec ou manque d'éléments nutritifs, donnant naissance à une formation annulaire, par un processus analogue à celui des "ronds de sorcières" que font dans les champs diverses espèces de champignons. Ces structures, les girls, sont fréquentes aux Maldives . Leur couronne à fleur d'eau constitue un "platier", qui cerne un lagon de récif peu profond (2 à 15 mètres environ) à fond sablonneux ; beaucoup d'entre elles portent une île. Il est fort probable que la transformation des tillas en girls, amorcée par les marées, a été facilitée par les grandes glaciations qui ont fait baisser de plusieurs mètres le niveau des eaux, condamnant irrémédiablement les organismes émergés.
L'atoll n'est en fait rien d'autre qu'un girl qui a grandi, atteignant parfois des dimensions gigantesques, comme celui de Suvadiva, le plus grand du monde avec son lagon de 2240 kilomètres carrés. L'anneau de l'atoll ne cesse d'augmenter de diamètre au cours de son existence ; mais en même temps, il devient de plus en plus perméable, agressé qu'il est par les courants, les vagues et le vent. Des brèches s'ouvrent dans sa muraille, la fragmentant en éléments linéaires, que l'on appelle des farus et qui constituent la majorité des structures émergées. C'est la raison pour laquelle le mot faru entre dans le nom d'une grande quantité d'îles.
Les passes formées dans le mur de l'atoll sont le siège de très violents courants. Deux fois par jour, le lagon de l'atoll se remplit et se vide alternativement au rythme des marées, le niveau des eaux pouvant varier de plus d'un mètre. Des matières nutritives minérales et du plancton sont apportés de l'Océan Indien par les courants de marée, contribuant à la richesse de la vie dans l'atoll. Ces mouvements d'eau favorisent la dissémination des larves de Madrépores qui peuvent ainsi coloniser de nouveaux sites à l'intérieur des lagons d'atoll et créer des pâtés et des massifs qui deviendront plus tard des tillas.
Tout autant que les tillas, les farus sont susceptibles de se transformer en girls qui grandiront à leur tour, rencontrant d'autres récifs au cours de leur expansion et formant des ensembles de plus en plus importants qui s'écarteront peu à peu de la forme circulaire initiale.
Quel que soit leur type, les différents récifs coralliens ont une structure verticale à peu près semblable dont les farus du bord de l'atoll donnent une bonne idée.
Du côté exposé à l'océan, la paroi du récif descend d'abord presque verticalement jusqu'au socle situé à -50 mètres environ. La pente qui rejoint ensuite les grands fonds océaniques est plus douce, de l'ordre de 45 degrés. Le tombant de Madrépores est creusé de grottes à des niveaux constants dans tout l'archipel : -3, -25 et -40 mètres environ ; ces excavations sont les témoins des glaciations qui ont fait baisser à de nombreuses reprises le niveau des océans. On trouve sur le socle les blocs calcaires qui ont été détachés du récif par la force des vagues.
Du côté abrité, la structure est analogue jusqu'à 25 ou 30 mètres ; une pente douce faite de matériaux éboulés rejoint ensuite le fond du lagon couvert de sable provenant de la détection du massif corallien.
La profondeur du lagon d'atoll varie entre 35 et 60 mètres. Il faut noter que la principale cause de formation du sable réside dans le mode de nutrition des Poissons-Perroquets ; ceux-ci croquent en effet les coraux vivants pour en extraire la matière nutritive et rejettent les parties minérales du broyat. On estime qu'un Poisson- Perroquet adulte peut fabriquer ainsi jusqu'à 3 kg. de sable par jour. C'est dire l'importance de l'action de ces animaux dans la topographie des atolls. Sous l'action des vents et des courants, le sable se dépose en certains points hauts et forme des bancs immergés ou des îles.
Les îles deviennent à leur tour les germes de formation de structures complexes ; le récif qui les frange subit le même processus de dégradation que les tillas. Un platier se développe, isolant un lagon de faible profondeur au fond sablonneux, où l'on trouve des espèces de Madrépores à faible besoin en Oxygène et à croissance rapide ; c'est le domaine des Acropora, les Coraux Corne-de-Cerf, dont les débris jonchent le fond après chaque tempête.
Au contraire, le bord externe, du côté du lagon d'atoll, est peuplé d'espèces à croissance lente, fortement oxygénées par les courants de marée et les vagues.


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